برخی می گویند: احادیث دوازده خلیفه دلالت بر خلافت و حکومت ظاهری دوازده خلیفه بعد از پیامبر دارد، در حالی که امامان شیعه به جز امام علی و امام حسن علیهما السلام حکومت ظاهری نداشته اند.
پاسخ: این احادیث در حقیقت، دلالت بر انشا و امر و نصب الهی دارد نه اخبار و اعلام، یعنی این دوازده نفر ازآنجا که از شاخصهای معنوی بالایی برخوردارند لذا از جانب خداوند به ولایت و خلافت منصوبند و مردم وظیفه دارند تا با آنها بیعت نمایند.
سیّد محمّد تقی حکیم می گوید: « مقصود به بقای امر در بین آنها، بقای امامت و خلافت به استحقاق است. یعنی آنها مستحق امامت و خلافت هستند، نه اینکه هرکدام به سلطنت ظاهری خواهند رسید، زیرا خلیفۀ شرعی ، مشروعیّت سلطنت خود را از خداوند می گیرد و این سلطنت در حدود سلطنت تشریعی است نه تکوینی؛ زیرا این نوع از سلطنت است که مقتضای وظیفۀ امام به عنوان مشرّع است ، و این معنا با غصب سلطنت ظاهری از آنها و تسلّط دیگران منافاتی ندارد...» .