سومين بخش از زندگي امام زمان را دوران غيبت کبرا تشکيل مي دهد. پس از آن که شيعه با مسأله غيبت امام عصر ارواحنا له الفداء مأنوس شد و زمينه غيبت دراز مدت فراهم آمد گشت. ابتداي اين بخش از زندگي حضرت، با فوت آخرين سفير از سفراي چهارگانه حضرت شروع شد و پايان آن را کسي جز پروردگار آگاه نيست.
در اين قسمت از زندگي حضرت مهدي ارواحنا له الفداء نيز، نکاتي است که به آن اشاره مي کنيم: از آن جا که تجربه طولاني امامت در پيش روي بود و بيم آن مي رفت که حضور عادي امام در ميان مردم، به شهادت وي بانجامد و در نتيجه امامت و رهبري، که رمز تحرک و حيات شيعه است، در اهدافش ناکام بماند، اين غيبت طولاني آغاز شد، تا امام زمان ارواحنا له الفداء به عنوان محور و مصدر اول باقي بماند و روزي به رهبري او، دين حق، جهان گستر و فراگير گردد. به اين علت و علتهاي ديگري که در فلسفه غيبت نهفته است [1] ، حجت خدا در پشت پرده غيبت قرار گرفت و خورشيد گونه از پس ابرها، نور افشاني خواهد کرد. [2]