در حكومت جهانى حضرت مهدى ارواحنا له الفداء حقوق تمام اقليت ها به طور كامل مراعات خواهد شد. اهل كتاب و كسانى كه شبهه کتاب دارند، خواهند توانست با انعقاد پيمان ذمه و كسب تابعيت،در قلمرو حكومت اسلامى آزادانه زندگى كنند و از حقوق انسانى خود بهره مند گیرند. ابوبصير طى سؤالات گوناگونى از امام صادق علیه السلام پرسيد: امام زمان ارواحنا له الفداء با اهل ذمه چه خواهد كرد؟ فرمود: مانند پيامبر اكرم صلی الله علیه و آله و سلم با آنان ييمان مى بندد.آنان هم با كمال خضوع، با دست خودشان جزيه مى پردازند [1] امام باقر علیه السلام فرمود: وقتى كه قائم اهل بيت قيام كرد، تورات و ساير كتاب هاى آسمانى را از غارى كه در انطاكيه واقع شده، استخراج مى نمايد. بين اهل تورات با تورات، بين اهل انجيل با انجيل، بين اهل زبور با زبور و بين اهل قرآن با قرآن قضاوت خواهد كرد. [2]

بدين ترتيب اهل ذمَه در دولت مهدى از نظر قضايى كاملاً آزاد خواهند بود و در منازعات و اختلافاتِ مخصوص خود، خواهند توانست به دادگاه هاى خود مراجعه كنند و اگر خودشان دادگاه ويژه نداشته باشند و يا با افراد مسلمان اختلاف و نزاعى پيدا كردند، با كمال اطمينان به حاكم مسلمين مراجعه نمايند . همين خوش رفتارى و مسالمت مسلمانان با اقليت هاى مذهبى در دولت مهدى، سبب خواهد شد كه اقليت هاى مذهبى، به خصوص يهود و نصارى تا پايان در جهان خواهند ماند. ظاهر آياتى از قرآن و مِن الذِينَ قالوا إنا نَصارى ... [3] و قالتِ اليهودُ يَدُ اللهِ مَغولة.، [4]دلالت دارند كه آيين يهود و نصارى تا قيامت و در عصر دولت مهدى ارواحنا له الفداء نيز باقى خواهد ماند، وليكن در مقابل اين آيات و روايات، احاديث ديگرى هم وجود دارد كه دلالت مي كنند كه در دولت مهدى ارواحنا له الفداء غير از مسلمانان، احدى روى زمين باقى نخواهد ماند. آن حضرت دين اسلام را بر اهل كتاب، عرضه مى دارد و اگر نپذيرفتند، كشته مى شوند. [5] و چون اين روايات، علاوه بر ضعف سند، مخالف قرآن و سيره پيامبراکرم صلی الله علیه و آله و سلم و اصول مسلم اسلام است، از درجه اعتبار ساقط مى باشد. [6] پس اقليت هاى مذهبى در عصر حضرت مهدى ارواحنا له الفداء باقى خواهند ماند و شرائط ذمه را خواهند پذيرفت و تحت الحمايه حكومت اسلامى، آزادانه زندگى خواهند كرد. دولت هاى باطل همه سقوط مي كنند و همه قدرت و حكومت جهان، به دست مسلمانان مى افتد و دين اسلام، بر تمام اديان غالب مي گردد و بانگ توحيد از همه جا بلندمي شود. [7]