اثبات نیابت خویش:1
تکذیب و رسوا نمودن مدّعیان دروغین، اثبات نیابت خود و جلب نمودن اعتماد شیعیان به سوی خویش یکی از وظایف او بود. بنابراین یکی از راه های عملی بر صحّت نیابت و وساطت خویش، خبر دادن از امور غیبی و پنهانی بود که با عنایت امام زمان ارواحنا له الفداء و از طریق توقیعات انجام می شد.
نصوص دال بر نیابت: 2
*امام عسکری علیه السلام علاوه بر وثاقت، به نیابت و وکالت وی از طرف حضرت مهدی ارواحنا له الفداء تصریح کرده بود.
*پدر بزرگوارش وصیّت کرد: «بعد از من پسرم محمّد نایب ویژه ی ناحیه ی مقدسّه است.»
*طبق وصیّت پدرش غسل، کفن و دفن پدر را عهده دار شد و به جای او نشست و تمام امور مربوط به نیابت امام غائب به او تفویض شد.
*توقیعات امام زمان ارواحنا له الفداء برای ایشان با همان خطّ و خصوصیات زمان پدر برای ایشان صادر می شد.
*امام زمان ارواحنا له الفداء در توقیعات متعددی از ایشان مدح، تمجید و توثیق نموده اند.
دیدار با امام:3
عبدالله بن جعفر حمیری می گوید: از محمّد بن عثمان عمری شنیدم که می گفت:
به خدا قسم صاحب الامر هر سال در موسم حج در مکّه حاضر می شود. او مردم را می بیند و آنها را می شناسد و مردم هم او را می بینند ولی نمی شناسند. آخرین باری که حضرت را دیدم، در مسجد الحرام بود و می فرمود: الّلّهُمَ اَنجِزلی ما وَعدَتنَی: خدایا! آنچه را به من وعده فرمودی به انجام برسان. و در جایی دیگر می گوید: آن حضرت را دیدم که در «باب المستجار» پرده ی خانه ی خدا را گرفته و می فرمود: الّلّهُمَ انتَقِم لی مِن اَعدائی: پروردگارا! به وسیله ی من از دشمنان خود انتقام بگیر.
دعای سمات:4
دعای سمات که به «دعاء شبّور» معروف است و خواندن آن در ساعت های آخر روز جمعه مستحب است، به اسناد معتبر از جناب محمّد بن عثمان عمری رضی الله عنه است.
مدّت نیابت: 5
بیشترین مدّت نمایندگی امام زمان ارواحنا له الفداء را به خود اختصاص داد. حدود 40 سال به عنوان نایب و رابط بین امام و شیعیان بود. لذا توفیق یافت مشکلات و مسائل فقهی، کلامی و اجتماعی و ... را از محضر مبارک امام زمان ارواحنا له الفداء استفسار نماید و در اختیار مردم قرار دهد.
وصیّت آخر:6
نائب دوم با دستور امام زمان ارواحنا له الفداء، سومین نایب خاصّ را اینگونه معرفی می کند:
حسین بن روح سفیر بین شما و صاحب الأمر خواهد بود، او وکیل آن حضرت و امین صادق است. از این رو در امورات خود با او مشورت کنید و در نیازهای خویش به او تکیه نمائید.
وفات:7
زمان مرگ خویش را با راهنمایی امام مهدی ارواحنا له الفداء پیشگویی کرد و دو ماه قبل از وفات خود خبر داد. ایشان قبری برای خود حفر کرد و لوحی را نیز برای قبر خویش ساخت که بر روی آن آیاتی از قرآن نوشته و در حواشی آن اسامی ائمه اطهار علیهم السلام را نگاشته بود. ایشان هر روز یک جزء قرآن در آن قبر می خواند تا اینکه سرانجام در همان روزی که پیشگویی کرده بود، در آخر ماه جمادی الأول سال 305 ه.ق. وفات یافت و در همان قبر نیز دفن شد.
مدفن:8
در سمت غربی بغداد، بر سر راه کوفه در محلّی که خانه اش آنجا بود و در کنار قبر مادرش واقع شده است.